Att genomföra en dubbel väsentlighetsanalys innebär flera utmaningar, både för företaget som ska genomföra den och för konsulterna som ska ge stöd i och leda processen. En dubbel väsentlighetsanalys innebär ofta ett nytt sätt att tänka eftersom man ska beakta både positiva och negativa aspekter som i sin tur kan vara såväl faktiska som potentiella på kort eller lång sikt. Analysen kräver också att man har grundläggande kunskap inom flertalet olika hållbarhetsområden, såväl miljömässiga som sociala. Detta ställer krav på både företagets och konsulternas förmåga att kommunicera och förmedla kunskap om företagets organisation och värdekedja respektive hållbarhet och miljöfaktorer. Det ställer också krav på deltagarnas förmåga att tänka kreativt för att se möjliga påverkningar, risker och möjligheter men också att förmågan att göra snabba avväganden av hur relevanta och rimliga dessa är för företagets verksamhet. 

För Fruktbudet innebar analysen att de behövde sätta sig in hur företagets val och produkter påverkar eller påverkas av olika faktorer inom flertalet olika hållbarhetsområden såsom klimat, vattenanvändning , arbetsförhållanden och sociala frågor. Att analysera hur företaget påverkar eller påverkas inom dessa områden, både uppåt och nedåt i värdekedjan, är utmanande då det ofta rör sig om komplexa samband som är förknippade med hög osäkerhet. Samtidigt kan det vara svårt att överblicka alla olika processer och gå ned lagom djupt i de olika detaljerna.  

För Gidås konsulter är det alltid en utmaning att snabbt sätta sig in i en ny verksamhet, dess värdekedja och produkter för att ha tillräcklig kunskap för att göra olika bedömningar. Samtidigt är det viktigt att analysen hålls på en lagom nivå gällande hur detaljerat olika aspekter ska undersökas samt i avväganden av vad som kan anses vara rimligt gällande potentiella risker och möjligheter.  Det är också utmanande att vägleda och stödja processen utan att styra den alltför hårt eftersom det är viktigt att det är företaget som ska genomföra analysen.